ولما احتل نابليون القاهرة خرج من مصر إلى العريش ثم عاد إلى القاهرة واشترك في ثورة القاهرة الأولى والثانية فنفاه الفرنسيون إلى دمياط . وبعد جلاء الجيش الفرنسي ، كان محمد علي يلتف حول الوطنيين المصريين ويعدهم بالآمال المعسولة فرشحه عمر مكرم حاكما على مصر ، وقاد مكرم الشعب في ثورته ضد الحاكم خورشيد باشا ، وفي المناداة باسناد ولاية مصر إلى محمد علي . وقاد بعد ذلك حملة مقاومة الغزو الإنجليزي لبلادنا عن طريق رشيد وهزمت حملة فريزر هزيمة ساحقة ، رفع بعدها مكرم رأسه للسماء بالحمد والدعاء والشكر . وتولى محمد علي حكم مصر حسب إرادة الشعب والعلماء وكان محمد علي لا يفتأ يلجأ إلى مكرم لأنه يدرك مدى زعامته الشعبية في نفوس العلماء والجماهير وقادة الرأي وجميع الطبقات ولما اطمأن محمد علي إلى نفسه وجيشه قلب للزعيم عمر مكرم ظهر المجن وامتنع عن مشاورته وأقصاه عن جميع أمور الدولة وعن مسائل الدفاع عن الوطن . وأخذ محمد علي يغتصب أرض الأوقاف فاجتمع عمر مكرم بالعلماء ، محتجين على مسلك الوالي فكان رده عليهم : إنني على استعداد لأن أرمي عنق كل من يستظل بلواء المعارضة في وجه سياستي . وبادر مكرم بجمع العلماء ، وفي الاجتماع أعلن أمامهم : إن محمد علي محتال وإذا تمكن فسيصعب ازالته فلنعزله من الآن . ونفى محمد علي عمر مكرم من مصر ، فكان رد هذا الزعيم الشجاع : إن النفي غاية ما أتمناه غير أنني أريد العيش في بلد لا يدين بحكم محمد علي . وفي الثالث عشر من أغسطس عام 1809 م احتشدت على ساحل